La sede regional de los Andes del CALAS es acogida por FLACSO Ecuador, institución pública miembro de la red internacional de la Facultad Latinoamericana de Ciencias Sociales, que tiene presencia en quince países de la región. Para la gestión del CALAS-Andes, FLACSO Ecuador trabajará de forma coordinada con la Universidad de Kassel (Alemania). Este Centro regional es coordinado por la Dra. Margarita Manosalvas, Coordinadora de Investigación de FLACSO, Ecuador y cuenta con la participación de investigadores e investigadoras de la institución y de otros centros académicos del Ecuador y de la región andina.

La sede regional Cono Sur del CALAS tiene su epicentro en la Universidad Nacional de San Martín, institución pública y gratuita de altos estudios, ubicada estratégicamente en el partido de General San Martín, Buenos Aires, en trabajo conjunto con la Universidad Friedrich Schiller de Jena (Alemania). El centro regional es co-dirigido por la Prof. Dr. Lucas Christel, UNSAM, y la Prof. Dr. Claudia Hammerschmidt, Universidad Friedrich Schiller de Jena. Ambas universidades colaboran equitativamente en la dirección de la sede. 

La sede principal del CALAS está ubicada en el Centro Universitario de Ciencias Sociales y Humanidades (CUCSH) de la Universidad de Guadalajara; institución pública que brinda servicios educativos de calidad fuera y dentro del área metropolitana de Jalisco. Con una visión pluricultural y multidisciplinaria, trabajando en conjunto principalmente con la universidad alemana de Bielefeld se abordarán las distintas problemáticas de América Latina, así como la importancia e impacto cultural de dicho territorio.

La sede regional Centroamérica & Caribe del CALAS está auspiciada por el Centro de Investigaciones Históricas de América Central (CIHAC) de la Universidad de Costa Rica, en San José. Cuenta con el apoyo del Centro de Estudios Atlánticos y Globales de la Universidad Leibniz de Hanover (Alemania). Los vínculos entre el CIHAC y Hanover se pueden rastrear hasta la mitad de la década de 1990 y se han afirmado con proyectos conjuntos de investigación y cursos de Posgrado compartidos desde el 2011.