El Laboratorio del Conocimiento es el formato más amplio y completo de CALAS. Consiste en una fase de 1.5 años en la sede principal del CALAS en Guadalajara (México), junto con una serie de actividades en los centros regionales de América Latina y espacios académicos en Alemania. Cada una de las cuatro líneas de investigación del CALAS coordinará un Laboratorio de Conocimiento. El núcleo está formado por los coordinadores y un grupo de al menos diez investigadores invitados que realizarán estancias de investigación basadas en el diálogo y el intercambio.

El primer Laboratorio de Conocimiento es organizado por la línea de Investigación "Afrontar Violencia - Resolver Conflictos” mayo 2019 - octubre 2020) y se llama "Visiones de Paz: Transiciones entre la violencia y la paz en América Latina". Todas las convocatorias de este laboratorio ya están cerradas.

El segundo Laboratorio del Conocimiento es organizado por la línea de investigación "Confrontando las desigualdades en América Latina”(enero 2021 a junio de 2022) y se llama “Perspectivas sobre riqueza y poder". Todas las convocatorias de este laboratorio ya están cerradas.

El tercer Laboratorio de Conocimiento es organizado por la línea de investigación "Afrontar las crisis ambientales" (marzo 2022-agosto 2023) y se enfoca en "El Antropoceno como crisis múltiple: Perspectivas latinoamericanas". Todas las convocatorias de este laboratorio ya están cerradas.

El cuarto Laboratorio de Conocimiento es organizado por la línea de investigación “Identidades regionales en múltiples crisis” (julio 2023 - diciembre 2024) y se llama “Identidades estratégicas y crisis en América Latina. Procesos y Tensiones”. Las convocatorias para participar como becario/a del Laboratorio y en eventos organizados por el Laboratorio se encuentran en la página http://www.calas.lat/es/convocatoria.