La sede regional de los Andes del CALAS es acogida por FLACSO Ecuador, institución pública miembro de la red internacional de la Facultad Latinoamericana de Ciencias Sociales, que tiene presencia en quince países de la región. Para la gestión del CALAS-Andes, FLACSO Ecuador trabajará de forma coordinada con la Universidad de Kassel (Alemania). Este Centro regional es coordinado por la Dra. Margarita Manosalvas, Coordinadora de Investigación de FLACSO, Ecuador y cuenta con la participación de investigadores e investigadoras de la institución y de otros centros académicos del Ecuador y de la región andina.

La Sede de FLACSO en Ecuador fue establecida en 1974, mediante un acuerdo entre el Estado ecuatoriano y el sistema internacional de FLACSO. La institución forma parte del sistema universitario ecuatoriano y fue reconocida por la Ley de Educación Superior en el año 2000. FLACSO Ecuador construye y difunde conocimientos y saberes en el campo de las ciencias sociales y las humanidades a través de la docencia y la investigación crítica y creativa. Sus principios son el pluralismo y la autonomía académica en la búsqueda de contribuir al desarrollo de las diversas corrientes del pensamiento latinoamericano y andino, y de promover la justicia, la equidad y la inclusión social. 

Flacso-Ecuador ha desarrollado, como parte de su trabajo académico de excelencia, relaciones con universidades, centro e institutos de investigación de más de veinte países de América latina, Europa, Norteamérica y Asia. En ese marco, la institución cuenta con una extensa experiencia y con resultados de trabajos sobre temas socioambientales; sobre el análisis de las desigualdades y de los procesos de construcción y disputa de las identidades y las identidades políticas; sobre procesos políticos y hegemonía en América latina y análisis comparativos con otras geografías; sobre la protesta política y participación popular y Estado; sobre la movilización social y el cambio político; sobre conflicto, política, nación y violencia; sobre subjetividades, configuraciones culturales y formas de vida; sobre culturas políticas y construcción del Estado; sobre las prácticas e imaginarios en torno a la etnicidad, la “raza”, el género y la clases sociales; sobre el poder y la participación política.

Desde esas claves, CALAS-Andes propone abordar las crisis históricas y contemporáneas, y observar de manera relacionada las transformaciones de la desigualdad social y la formación de ciudadanías, movimientos sociales,  e instituciones del poder público; todo ello a través del análisis de los clivajes de clase, “raza”/etinicidad y género.