Fernando Cuenca tiene estudios de pregrado en el campo de las ciencias administrativas y la gestión empresarial. Es especialista en Interculturalidad y Desarrollo por la Facultad Latinoamericana de Ciencias Sociales FLACSO, Sede Ecuador. Ha sido parte de diversos programas y proyectos de investigación y desarrollo en instituciones públicas, privadas y organizaciones no gubernamentales del Ecuador. Sus líneas de investigación son: la Educación Intercultural y la crisis de la identidad cultural en los pueblos y nacionalidades indígenas de Latinoamérica.