Una vez utilizada en las diferentes actividades como la agrícola, la industrial o el comercio, el agua es desechada en ríos, lagunas o tirada al mar a manera de desagüe. Cuando el agua ha tenido un uso antropogénico, es decir, que ha sido utilizada en actividades humanas y es desechada, suele presentar contaminantes. Los principales son sustancias biológicas y químicas. En México, existen grandes territorios en donde no se les da tratamiento alguno a sus aguas de descarga y estas son vertidas a ríos, lagunas y al mar. Los sistemas de tratamiento se clasifican por su nivel de tecnificación y la técnica de separación de contaminantes utilizada. A nivel nacional, se distingue que los lodos activados, que son tratamientos biológicos con microorganismos, son los más utilizados, seguidos de lagunas de estabilización y la combinación de varios tratamientos, como son los saneamientos duales.